...

Blast для чего эта программа

SafeBLAST (BLAST)

SafeBLAST (BLAST) является как УТИЛИТИЧЕСКИМ, так и ДЕФЛЯЦИОННЫМ токеном. В качестве служебного токена вы можете использовать BLAST для покупок в Интернете, торговых автоматах и ​​розничных магазинах. В качестве дефляционного токена SafeBLAST представляет собой автономный протокол генерации доходности и ликвидности. Каждый раз, когда кто-то покупает или продает токен BLAST, общее предложение падает. Каждая транзакция создает пассивное вознаграждение, не требующее усилий, для всех токенов HODLers в цепочке. Ликвидность также создается автоматически для поддержки минимальной цены. Поскольку оборотное предложение становится ограниченным, спрос и предложение будут играть большую роль в повышении минимальной цены, что является беспроигрышным вариантом для держателей BLAST.

Последнее обновление
14 дек. 2021 г.

Безопасность данных

arrow_forward

Чтобы контролировать безопасность, нужно знать, как разработчики собирают ваши данные и передают их третьим лицам. Методы обеспечения безопасности и конфиденциальности могут зависеть от того, как вы используете приложение, а также от вашего региона и возраста. Информация ниже предоставлена разработчиком и в будущем может измениться.

BLAST search

Basic Local Alignment Search Tool (Altschul S et al.) is a set of programs that search sequence database for statistically significant similarities. There are five traditional BLAST programs available in BLAST+ tools in commandline:

Program Description
BLASTN compares a nucleotide query sequence against a nucleotide sequence database.
BLASTP compares an amino acid query sequence against a protein sequence database.
BLASTX compares a nucleotide query sequence translated in a ll reading frames against a protein sequence database.
TBLASTN compares a protein query sequence against a nucleotide sequence database dynamically translated in all reading frames.
TBLASTX compares the six-frame translations of a nucleotide query sequence against the six-frame translations of a nucleotide sequence database.

These are the same blast applications what you can see in the NCBI blast website. Read more about command line BLAST here.

BLAST terminology

  • Query
    • The sequence for which the search is performed.
    • A set of sequences on which search is performed to find matches for the query sequence.
    • A single sequence within the database.
    • A value representing quality of each alignment.
    • It is calculated as the sum of substitution and gap scores.
    • A value representing probabilistic significance of each alignment.
    • A number of different alignments with scores equivalent to or better than ‘S’ that are expected to occur in database search by chance.
    • The lower the E value, the more significant the score.

    Application of BLAST

    BLAST can be run online (e.g. NCBI blast) as well as locally. Few applications of local BLAST are:

    1. to compare against multiple genomes of interest,
    2. to output in different formats that can be used in downstream applications.

    Outline of sequences to BLAST

    We will use the local BLAST to identify if the bacterial genomes carry a gene of interest. We will use bacterial spot causing Xanthomonas and one of the conserved effector ‘AvrBs2’ sequence as an example today. More information on Xanthomonas is available here.

    Pathogen effectors proteins

    Effectors are proteins that are secreted by pathogenic bacteria into the plant cells to. manipulate host prcoesses and achieve colonization. The effector gene we are analyzing in this course named avrBs2 is one of the most studied bacterial effectors because of its significant virulence contribution and is conserved across multiple Xanthomonas species.

    In the folder /blue/share/xanthomonas/ , there are four Xanthomonas species genomes.

    • Xanthomonas euvesicatoria → Xeu.fasta
    • Xanthomonas perforans → Xp.fasta
    • Xanthomonas gardneri → Xg.fasta
    • Xanthomonas citri → Xc.fasta

    The folder also contains nucleotide sequence for avrBs2 gene as avrBs2.fas .

    Our objective would be to see if the bacterial genomes carry the effector gene.

    Before starting, copy all the required files to your working directory.

    $ cd /blue/general_workshop/ $ cp -r ../share/xanthomonas ./ $ ls 
    demo strep slurm xanthomonas 

    Bware — кто ?

    Ребята,с лаборатории Bware очень лаконично и четко описывают свои цели. Основная цель — это Создание всеобъемлющей экосистемы разработки, в которой разработчики блокчейнов могут получить легкий доступ ко всему, что им нужно для создания в пространстве Web3.

    Какие решения у них есть?

    Из основных продукт на данный момент — это платформа BLAST.
    Blast — это платформа поставщика API от Bware Labs, которая направлена ​​на решение проблем инфраструктуры Web 3, связанных с надежностью и задержкой, за счет использования географически распределенных сторонних узлов.

    Blast как решение?

    Blast предлагает многорегиональную архитектуру, которая, наряду с рядом механизмов кластеризации и геолокации, обеспечивает оптимальную маршрутизацию пользовательских запросов к ближайшей точке присутствия относительно того, откуда генерируется вызов. Более того, используя сторонние узлы, разбросанные по всему миру, Blast обеспечивает децентрализацию базовой инфраструктуры блокчейна, тем самым сокращая время простоя и повышая надежность.

    Прочитать больше информации и ознакомится с интерфейсом можно на сайте — https://blastapi.io/

    Можно стать поставщиков узлов для Blast

    Чтобы стать поставщиком узлов на Blast, партнеры должны будут уже разместить или развернуть узел в одной из сетей Blockchain, которые в настоящее время поддерживаются платформой. После регистрации конечных точек своего узла, при условии, что их узел пройдет все необходимые тесты и, следовательно, будет соответствовать всем требованиям регистрации, провайдеры смогут создавать пулы ставок и начать получать вознаграждение в виде APY. Расчет APY для каждого провайдера будет учитывать, помимо количества поставленных токенов, общую производительность узла.

    При подготовке материала использовались источники:
    https://play.google.com/store/apps/details?id=com.webapp.safeblast&hl=ru
    https://bioinfoaps.github.io/03-blast/
    https://medium.com/@alexfryy/blast-%D0%BF%D0%BB%D0%B0%D1%82%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0-%D0%BE%D1%82-bwarelabs-780c98f57370

Оцените статью